在使用菌肥的過程中，我們需要注意如下幾個(gè)問題：
一、有效期
貯存的時(shí)間超過有效期的微生物肥料不能再次使用。
二、溫度
施用菌肥的氣溫是25攝氏度到37攝氏度，低于5攝氏度，高于45攝氏度，施用效果比較差。與此同時(shí)還需要掌握固氮菌適宜濕度：土壤的含水量為六十到七十。
三、地點(diǎn)
對(duì)含硫比較高的土壤及銹水田，不適宜施用生物菌肥。對(duì)于翻漿的水田，通常不需要用撒施，施用噴霧的方法效果會(huì)更好一些。
四、菌數(shù)
有效的活菌數(shù)達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)的微生物肥料不可以購買，我國規(guī)定微生物菌劑有效活菌數(shù)要大于2億/克（顆粒1億／克），復(fù)合微生物肥料和生物有機(jī)肥有效活菌數(shù)大于2000萬/克。
五、時(shí)期
生物菌肥并不是肥，在農(nóng)作物的營養(yǎng)臨界期以及營養(yǎng)大量吸收期的前7天到10內(nèi)進(jìn)行天施用，這樣起到的效果理想。
六、混合
應(yīng)該注意，不能把菌肥和劑、殺蟲劑、除草劑與含硫的化肥以及稻草灰進(jìn)行混合施用，由于這些藥、肥，很容易將生物菌殺死。
七、用量
對(duì)于已經(jīng)多年施用化肥的農(nóng)田，在應(yīng)用生物菌肥的時(shí)候不可以大量減少化肥以及有機(jī)肥的施用量。